钟楼位于半山阁东北侧、学校行政楼(逸夫楼)南面偏东处，始建于学堂创立之初，原为砖木结构。底部为边长 2.61 米的正方形基座,通高 13.8米,形似宝塔,古色古香，清秀典雅。钟为纯铜铸造，声传四方，清越洪亮。由于年深日久，钟楼木朽欲倾。学校于 1999 年在原地仿原形重新修建。钟楼墙体外贴灰色花岗石面,间镶红色仿石砖面。内部墙体施以米色涂料。楼顶为玻形屋面，红色玻形瓦盖。屋盖下方高悬铜钟，四壁通花。
2002年在钟楼北侧新建衬墙，长5.5米,东面刻待征楹联上联：“桐中敲铜钟童男童女同上学”，西面刻书法家刘天明书写的桐城中学（部分）校歌。
2022年，北侧衬墙拆除，重新翻修，变成了现在的钟楼。
